Việc chiêu hàng được Hồng Thừa Trù có ý nghĩa lớn, từ đây quân Kim đã thỏa sức tung hoành ở mặt trận Liêu Đông, tuy vậy họ vẫn chưa thể vượt qua chướng ngại quan trọng là Sơn Hải quan. Sơn Hải quan lúc này do Ngô Tam Quế trấn thủ. Tuy nhiên, năm 1643, Sấm vương Lý Tự Thành công phá thành Bắc Kinh. Sùng Trinh hoàng đế tự vẫn ở Môi Sơn. Lý Tự Thành vào cung, tự xưng là Đại Thuận hoàng đế, chiếm đoạt toàn bộ kho báu nhà Minh. Được tin Lý Tự Thành đã chiếm được Bắc Kinh, đoạt người đẹp Trần Viên Viên, Ngô Tam Quế hết sức bất mãn và quyết định mở cửa thành Sơn Hải Quan đầu hàng Mãn Châu. Quân Thanh lập tức tràn vào Sơn Hải quan, chiếm cứ các vị trí quan trọng. Hoàng Thái Cực liền phong ngay cho Ngô Tam Quế làm tiên phong, để đưa quân về Bắc Kinh trả thù. Ngô Tam Quế nhanh chóng đánh đuổi quân Lý Tự Thành, thế mạnh như chẻ tre. Lý Tự Thành chạy về hướng núi Cửu Cung rồi mất tích ở đó[27].

Trong lúc này, Hoàng Thái Cực cũng chuẩn bị những chiến dịch quân sự để xâm chiếm nhà Minh, nhưng không may trong năm này, ông mất trong khi chuẩn bị cuộc chinh phạt. Dù vậy, với thời và thế đã có, quân Thanh vẫn tiếp tục tấn công mãnh liệt, những người kế vị của Hoàng Thái Cực vẫn vững bước trên con đường ông đã chọn, không bỏ lỡ cơ hội, kiên quyết tấn công và cuối cùng vào năm 1646, nhà Thanh đã tiêu diệt được nhà Minh, trở thành một triều đại cai trị tại Trung Quốc cho đến năm 1911.

Trong cuộc chiến tranh giữa Mãn Châu và nhà Minh trong thời gian trị vì của Hoàng Thái Cực, ban đầu, với ưu thế pháo binh của mình, nhà Minh liên tục đẩy lùi người Mãn Châu, trong các năm 1627 và 1629. Tuy nhiên, họ không thể chiếm lại được quyền kiểm soát của mình đối với các vùng đất mà người Mãn Châu chiếm giữ. Từ năm 1629 về sau này, nhà Minh dần đến bờ vực của sự sụp đổ với những vụ tranh giành quyền lực bên trong và những vụ tấn công tiên tiếp ở miền bắc từ phía người Mãn Châu; Hoàng Thái Cực đã chủ động chuyển sang chiến thuật đột kích nhằm tránh đối mặt với quân đội Minh trong những trận chiến lớn với ý đồ tiêu diệt dần sinh lực của nhà Minh.

Không thể tấn công trực tiếp vào đầu não nhà Minh, người Mãn Châu chờ đợi cơ hội của mình, phát triển pháo binh của riêng họ và thành lập các liên minh. Hoàng Thái Cực lại có được các quan chức trong triều nhà Minh làm quân sư cho mình và vào năm 1633 họ hoàn thành việc chinh phục Nội Mông, dẫn tới việc tuyển được một số lượng lớn lính Mông Cổ dưới cờ Mãn Châu, cùng với các cuộc cải cách về quân sự, thực lực của quân Thanh đã phát triển và chiếm được một con đường nữa dẫn tới trung tâm đế chế Minh.

Trong cuộc chiến ác liệt này, tổn thất về nhân mạng là rất lớn, quân và dân của nhà Minh thì thiệt mạng trước các cuộc càn quét của kỵ binh Bát kỳ. Nhưng đổi lại, không ít chiến binh Mãn Châu cũng đã thiệt mạng dưới hỏa lực của quân Minh. Tổn thất về vật chất cũng đáng kể, trong giai đoạn này, nhiều thành trì, đường sá, cầu cống cũng bị thiệt hại do các hoạt động quân sự của hai bên, đặc biệt là thiệt hại nặng nề cho nhà Minh vì chiến sự chủ yếu diễn ra tại Trung Quốc.

Nói chung, dù Hoàng Thái Cực có chết một cách đột ngột nhưng những hoạt động quân sự của ông vẫn có ý nghĩa lớn lao. Trước hết, qua hàng loạt chiến dịch, quân Thanh đã chiếm được thế chủ động về quân sự tại vùng Đông Bắc đẩy nhà Minh vào thế chống trả bị động, ngày càng lùi sâu vào nội địa. Cũng qua các chiến dịch quân sự này mà quân Mãn Châu đã rút kinh nghiệm trong việc đối phó với hỏa lực của quân Minh, họ đã có ý thức phát triển pháo binh để công thành, đồng thời phát triển nhiều chiến thuật và phương tiện để đánh chiếm các công sự (bằng việc sử dụng nhiều binh lính người Hán có kinh nghiệm). Cũng qua những chiến dịch của Hoàng Thái Cực, nhiều thành trì, công sự của nhà Minh xây dựng đã bị phá hủy ví dụ như Vạn Lý trường thành, thành Cẩm Châu, thành Đại Lãng Hà và nhiều thành khác. Tuy nhiên thành trì vững vàng nhất là Viên Sùng Hoán đã bị loại trừ bằng một kế ly gián.